Nosaukumā Jāņu ir personvārda Jānis ģenitīva daudzskaitļa forma, ko lieto vasaras saulgriežu svētku Jāņi nosaukumā, bet siers nosauc pašu produktu. Aizsargātais nosaukums 2015. gadā ierakstīts Eiropas Savienības Garantēto tradicionālo īpatnību reģistrā.